Filosofija
Kiekvienas vaikas yra unikalus, svarbu padėti jam atsiskleisti, pagal galimybes patirti mokymosi sėkmę, atrasti savo poreikius atitinkančią veiklą.
Vizija
Jono Pauliaus II progimnazija – mokykla, kur saugioje, jaukioje, sveikoje aplinkoje ugdomi įvairiausių poreikių mokiniai. Tai mokykla, kurios narius (mokinius – mokytojus – tėvus) vienija stiprus ryšys bendram tikslui ir veiklai. Čia kiekvienas jaučiasi saugiai ir išgyvena sėkmę.
Misija
Jono Pauliaus II progimnazija teikia kiekvienam prieinamą, kokybišką priešmokyklinį, pradinį ir I pakopos pagrindinį išsilavinimą, padeda mokiniams suvokti savo teises ir pareigas, sudaro galimybes imtis iniciatyvos ir atsakomybės, ugdo dorą Lietuvos pilietį, neneigiantį ir nemenkinantį kiekvienos tautybės kultūros ir tradicijų, puoselėjantį krikščionišką moralę, tautinę pagarbą ir toleranciją.